A EC.ON possui um pequeno conjunto de parceiros estratégicos, protocolos e entidades com quem coopera institucionalmente: ora de forma mais regular, ora de forma mais esporádica. Tais parcerias concretizam-se em iniciativas conjuntas, vantagens para colaboradores das instituições parceiras, entre outros aspectos. Destacam-se, neste domínio, a Universidade Aberta, o Instituto Camões, a Fábrica do Braço de Prata, a Associação Resgate, o Turismo de Portugal, a TAP, o Centro Nacional de Cultura, o EvoraInn, a livraria Fonte de Letras, as editoras Arranha-Céus e Abysmo, o Festival Silêncio, EUNIC App, entre outros.
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